Ύστερα από κλήρωση που πραγματοποιήθηκε στα γραφεία της Ομοσπονδίας Καλαθοσφαίρισης, οι δύο όμιλοι Νότου του πρωταθλήματος Γ’ Εθνικής 2005-2006 διαμορφώνονται ως εξής:
| 1ος όμιλος | 2ος όμιλος |
| ΞΥΛΟΚΑΣΤΡΟ | ΔΙΑΓΟΡΑΣ ΡΟΔΟΥ |
| ΚΕΡΑΥΝΟΣ ΑΙΓΙΟΥ | ΕΡΜΗΣ ΣΧΗΜΑΤΑΡΙΟΥ |
| ΑΠΟΛΛΩΝΙΑΣ ΠΑΤΡΩΝ | ΗΡΟΔΟΤΟΣ ΗΡΑΚΛΕΙΟΥ |
| ΕΑ ΠΑΤΡΩΝ | ΚΑΠ |
| ΠΗΓΑΣΟΣ ΑΣΤΡΟΥΣ | ΑΕΚΤ |
| ΑΡΚΑΔΙΚΟΣ | ΑΡΙΩΝ |
| ΑΕΚ ΑΡΓΟΥΣ | ΕΣΠΕΡΟΣ |
| ΔΟΞΑ-ΠΥΡΡΟΣ ΑΡΤΑΣ | ΛΑΥΡΙΟ |
| ΠΡΩΤΑΘΛΗΤΗΣ ΕΣΚΑΗ | ΑΡΓΟΝΑΥΤΗΣ ΡΑΦΗΝΑΣ |
| ΗΛΙΟΥΠΟΛΗ | ΠΑΠΑΓΟΥ |
| ΚΟΡΩΠΙ | ΠΑΝΕΡΥΘΡΑΪΚΟΣ |
| ΑΡΔΗΤΤΟΣ | ΙΚΑΡΟΣ ΝΕΑΣ ΣΜΥΡΝΗΣ |
| ΑΤΤΑΛΟΣ | ΠΡΟΟΔΕΥΤΙΚΗ |
| ΠΑΝΕΛΕΥΣΙΝΙΑΚΟΣ | ΚΡΟΝΟΣ |